Entwicklung eines Base Editing Ansatzes zur Korrektur einer Hämoxygenase-1 Mutation

Anbieter der Doktorarbeit

Beschreibung der Arbeit

In dem Projekt werden vor allem PCR-basierte Techniken, DNA-Klonierungen und Genmodifikationen mittels CRISPR-Cas mit einem besonderen Schwerpunkt auf dem Base-Editing zum Einsatz kommen. Darüber hinaus werden Sie zellbiologische Arbeiten wie die Kultivierung von Säugerzellen und die Herstellung transgener Zelllinien erlernen und anwenden. Weiterhin werden Sie zellbasierte Assays und durchflusszytometrische (FACS) Messungen durchführen. • PCR • DNA-Klonierungen (PCR-basiert, Gibson-/HiFi-Assembly, Golden Gate Klonierung) • Base Editing/CRISPR-Cas • Durchflusszytometrie (FACS) • Zellkultur • DNA und RNA-Isolation, Sequenzierung (Sanger Sequenzierung) und Auswertung von Sequenzdaten • Herstellen transgener Zelllinien • Zellbasierte Assays

Das Ziel der Arbeit ist die Entwicklung einer Methode zur Korrektur einer Hämoxygenase-1 Mutation mittels präzisem Base Editing. Der Schwerpunkt liegt auf der Charakterisierung verschiedener Base Editing Systeme, insbesondere von Adenin- und neuartigen T-to-S-Base Editor Systemen. Ein weiterer wichtiger Aspekt des Projekts ist die Erprobung des Base Editing Ansatzes in Zelllinien und an Primärzellen eines Patienten. Darüber hinaus sollen vergleichende Untersuchungen zur Effizienz und Spezifität verschiedener Base Editor Systeme, Cas-Varianten und guide RNA Kandidaten durchgeführt werden. Es kommen weiterhin zellbiologische und durchflusszytometrische Verfahren zur Überprüfung der erfolgreichen Wiederherstellung der Hämoxygenase-1 Funktion zum Einsatz.

Rahmenbedingungen

Die Teilnahme an den beiden wöchentlichen Seminaren der Arbeitsgruppe ist verpflichtend. Zu Beginn der Promotion wird mit dem Arbeitsgruppenleiter, dem betreuenden Wissenschaftler und der Kandidatin bzw. dem Kandidaten ein strukturierter Arbeits- und Zeitplan erstellt und Meilensteine definiert. Sie werden von einem Wissenschaftler der Arbeitsgruppe persönlich betreut und der Fortschritt der Promotion durch regelmäßige Treffen mit dem Betreuer und dem Arbeitsgruppenleiter überprüft.

Ein starkes Interesse an onkologischen und gentherapeutischen Fragestellungen sowie ein Interesse an molekularbiologischen Techniken wird vorausgesetzt. Für die Bearbeitung des Projektes sollten mindestens zwei Freisemester eingeplant werden. Wir legen Wert auf eine offene und ehrliche Kommunikationsweise, einen respektvollen Umgang auf Augenhöhe gegenüber allen Mitgliedern der Arbeitsgruppe, sowie Zuverlässigkeit und die Fähigkeit und den Willen in einem interdisziplinären Team zu arbeiten.

Unterstützung bei der Beantragung eines Stipendiums ist möglich. Eine Finanzierung in Form einer HiWi Stelle o.a. kann in einem Gespräch mit dem Arbeitsgruppenleiter besprochen werden.

Eine (geteilte-) Erstautorenschaft ist bei Abschluss des Projektes und im Falle einer Publikation vorgesehen. Weitere Möglichkeiten für Erst- oder Co-Autorenschaften würden sich z.B. bei der Mitarbeit in anderen Projekten der Arbeitsgruppe oder durch die Bearbeitung eines möglichen und primär klinisch-orientierten Nebenprojektes ergeben. Diese Optionen können gern auf Anfrage mit Herrn Sauer besprochen werden.

Wir freuen uns auf Bewerberinnen und Bewerber, die unsere Begeisterung für Zell- und Gentherapien und die translationale Forschung teilen. Wir möchten insbesondere Studenten fördern, die sich bereits früh im Studium für die Forschung interessieren und das wissenschaftliche Arbeiten weit über die in Grundkursen vermittelten Inhalte hinaus erlernen möchten. Wir bieten Ihnen eine solide theoretische und praktische Ausbildung, ein junges und herzliches Team und freuen uns Sie kennenzulernen.